开展eDNA 宏条形码监测技术的标准化和规范化研究，是将其业务化推广应用的前提。本研究以高原湖泊滇池和抚仙湖的真核浮游藻类为研究对象，探究了基于18S-V9宏条形码测序深度对生物多样性监测的影响；通过分析平行样本间物种分类单元的交叉率及α多样性的变异率（coefficient of variation, LY2228820说明书CV），评估了eDNA宏条形码监测真核浮游藻类结果的精确性。并采用eDNA宏条形码监测数据评估了滇池和抚仙湖北的真核藻类多样性。结果表明：①测序深度显著影响宏条形码技术检出物种的数目，适合滇池和抚仙湖北的eDNA真核藻类多样性分析的测序深度为 >30000条；②重复样品（n=3）Selleck VX-689间遗传分类单元（OTU)交叉率达到45.97% ± 1.67%，可注释分类单元（属）交叉率达到64.21% ± 3.25%，α 多样性的变异率< 10%。③基于现有DNA条码数据库，滇池和抚仙湖北分别鉴定出真核藻类75属和90属，覆盖本地历史记录形态学物种的62.5%和71.05selleck产品%。④滇池不同水深的真核藻类多样性无明显差异，抚仙湖的真核藻类多样性具有显著垂直分布特征。和抚仙湖北部相比，滇池真核藻类多样性显著偏低，滇池南部的生物多样性明显高于中部和北部（P <0.05）。综上，本研究建立了eDNA宏条形码技术监测结果的精确性评价方法，验证了基于18S-V9引物监测真核浮游植物多样性的可行性，结果可促进eDNA宏条形码监测技术推广与应用。